有人觉得用漱口水漱口可以节约时间，就用漱口水代替刷牙。漱口水虽然可以除去口腔异味及口腔内的食物残渣和部分软垢，但远没有刷牙彻底。
牙菌斑是龋齿和牙周病的重要原因之一，刷牙的主要目的之一是去除附着在牙齿表面的牙菌斑。
此外，漱口水中含有杀菌剂氯己定，这种杀菌剂会伤害有害的细菌也会杀害有益的细菌。健康人口腔中也有一些正常的细菌，如果每天使用漱口水会导致口腔自然环境中的菌群失衡，而长期使用漱口水很容易引起舌头和牙齿表面的色素沉着，甚至会引起味觉紊乱，但不会引起口腔健康。
有些人得了口腔溃疡，觉得用漱口水可以消毒治好口腔溃疡。漱口水的某些化学成分具有一定的杀菌作用，但是造成口腔溃疡的因素很多而且复杂，容易复发，因此漱口水不能从根本上治愈口腔溃疡。
6岁以下儿童不能使用漱口水。首先，儿童太小不能使用漱口水，容易吞咽，吞咽太多漱口水会损害儿童的健康。妊娠期或哺乳期妇女也要慎用治疗性漱口水。
